Através da Resolução SMF nº 2.690/2011 - DOM Rio de Janeiro de 21.09.2011, foi declarada a inaplicabilidade do art. 190 da Lei nº 691/1984 aos casos de duplicidade de pagamento do ISS incidente sobre a mesma operação, tendo sido um dos pagamentos feito à União, nos termos da legislação do Simples Nacional, e o outro diretamente aos cofres do município. Será considerado indébito o montante recolhido diretamente ao Município do Rio de Janeiro desde que tenha sido corretamente efetuado o recolhimento à União.
 

Fonte: ICMS- LegisWeb