A partir de 01 de janeiro de 2012, o recolhimento do ICMS frete correspondente ao serviço prestado por transportador autônomo deverá ser feito por substituição tributária, conforme Decreto nº 37.671, de 23 de dezembro de 2011. Ou seja, o imposto deverá ser retido e recolhido pelo contratante do serviço (contribuinte-substituto), antes de iniciado o trânsito da mercadoria. O Documento de Arrecadação Estadual (DAE), devidamente quitado, relativo ao serviço, deve acompanhar a respectiva mercadoria, informando no campo "Observação", do mesmo DAE, o número das Notas Fiscais correspondentes. 

O não cumprimento desta regra implicará na aplicação de multa regulamentar, conforme previsão no art. 10, inciso XVI da Lei nº 11.514/1997, no seu grau máximo, que hoje corresponde ao valor de R$ 2.706,11.

Fonte: Sefaz-PE